Это perl, вкомпилированный в apache, что придает многие преимущества:
Скрипты и модули компилируются один раз, что значитльно увеличивает
скорость ответа на запрос HTTP (до 2000%);
Можно написать свои обработчики различных стадий запроса;
Кеширование сединений с сервером БД -- еще прибавка к скорости;
Директива SSI #perl позволяет в server-parsed html вызывать функции perl;
секции <perl></perl> в конфиге apache, для его конфигурирования;
Правда, ничего не дается даром и самый важный недостаток mod_perl --
огромный расход памяти: если обычный apache занимает при работе обычно
меньше мегабайта, то apache с mod_perl размером в 10-15 Mb -- вполне нормальное
явление. Но, при правильной настройке, значительная часть этой памяти будет
shared между копиями процессов.
Программа CGI исполняется один раз, за тем умирает. Под mod_perl же она загружается и
исполняется до смерти сервера (в случае использования Apache::Registry, см.
далее), поэтому она требует более аккуратного описания - закрывать файлы, не
использовать много памяти, и тд.